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　　企业取得的政府补助，会计处理时采用直接冲减研发费用方法且税务处理时未将其确认为应税收入的，应按冲减后的余额计算加计扣除金额。
　　近期，财政部修订了《企业会计准则第16号——政府补助》。与原准则相比，修订后的准则在总额法的基础上，新增了净额法，将政府补助作为相关成本费用扣减。按照企业所得税法的规定，企业取得的政府补助应确认为收入，计入收入总额。净额法产生了税会差异。企业在税收上将政府补助确认为应税收入，同时增加研发费用，加计扣除应以税前扣除的研发费用为基数。但企业未进行相应调整的，税前扣除的研发费用与会计的扣除金额相同，应以会计上冲减后的余额计算加计扣除金额。比如，某企业当年发生研发支出200万元，取得政府补助50万元，当年会计上的研发费用为150万元，未进行相应的纳税调整，则税前加计扣除金额为150×50%=75万元。

　　企业按照财税〔2015〕119号文件和97号公告要求设置研发支出辅助账时，应参照97号公告所附样式编制。企业也可以根据自己的实际情况建立辅助账，但应涵盖97号公告所附样式内容。也就是说辅助账样式可以在总局发布的辅助账框架内增加有关项目，但不得减少和合并有关项目。

　　研发支出辅助账包括4种形式的研发支出辅助账、研发支出辅助账汇总表以及研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表。4种形式的研发支出辅助账分别是：1.自主研发“研发支出”辅助账；2.委托研发“研发支出”辅助账；3.合作研发“研发支出”辅助账；4.集中研发“研发支出”辅助账。
　　企业应根据研发项目的形式，在立项后按照项目分别设置辅助账。从凭证级别记录各个项目的研发支出，并将每笔研发支出按照财税〔2015〕119号文件列明的可加计扣除的六大类研发费用类别进行归类。
　　企业应在年度终了之后，根据所有项目辅助账贷方发生余额汇总填制《研发支出辅助账汇总表》，并作为年度财务报告附注，随年度财务报告一并报送主管税务机关。
　　企业还需注意的是，《研发项目可加计扣除研究开发费用情况归集表》用于填报计算本年度享受研发费用加计扣除优惠政策的金额，包括本年度研发支出费用化加计扣除的部分，以及本年度及以前年度研发费用资本化在本年度加计摊销的部分，最后作为附列资料随企业年度纳税申报表一并报送主管税务机关。

　　企业开展研发活动中实际发生的研发费用形成无形资产的，其税收上资本化的时点应与会计处理保持一致。《企业会计准则第6号-无形资产》第7条规定，企业内部研究开发项目的支出，应当区分研究阶段支出与开发阶段支出。
　　1.研究阶段支出
　　研究阶段，是指为获取新的科学或技术知识并理解它们而进行的独创性的有计划调查，主要是指为获取相关知识而进行的活动。
　　考虑到研究阶段的探索性及其成果的不确定性，企业无法证明其能够带来未来经济利益的无形资产的存在，因此，对于企业内部研究开发项目，研究阶段的有关支出，应当在发生时全部费用化，计入当期损益（管理费用）。
　　2.开发阶段支出
　　开发阶段，是指在进行商业性生产或使用前，将研究成果或其他知识应用于某项计划或设计，以生产出新的或具有实质性改进的材料、装置、产品等，包括生产前或使用前的原型和模型的设计、建造和测试、小试、中试和试生产设施等。
　　考虑到进入开发阶段的研发项目往往形成成果的可能性较大，因此，如果企业能够证明开发支出符合无形资产的定义及相关确认条件，则可将其确认为无形资产。具体来讲，对于企业内部研究开发项目，开发阶段的支出同时满足了下列条件的才能资本化，确认为无形资产，否则应当计入当期损益（管理费用）。
　　（1）完成该无形资产以使其能够使用或出售在技术上具有可行性。
　　（2）具有完成该无形资产并使用或出售的意图。
　　（3）无形资产产生经济利益的方式，包括能够证明运用该无形资产生产的产品存在市场或无形资产自身存在市场，无形资产将在内部使用的，应当证明其有用性。
　　（4）有足够的技术、财务资源和其他资源支持，以完成该无形资产的开发，并有能力使用或出售该无形资产。
　　（5）归属于该无形资产开发阶段的支出能够可靠地计量。
　　3.无法区分研究阶段和开发阶段的支出
　　无法区分研究阶段和开发阶段的支出，应当在发生时费用化，计入当期损益（管理费用）。

　　有的企业特别是中小企业，从事研发活动的人员同时也会承担生产经营管理等职能，用于研发活动的仪器、设备、无形资产同时也会用于非研发活动，财税〔2015〕119号文件对允许加计扣除的研发费用不再强调“专门用于”。为有效划分这类情形，企业应对此类人员活动情况及仪器、设备、无形资产的使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。

　　根据财税〔2015〕119号文件规定，研发费用加计扣除政策适用于会计核算健全、实行查账征收并能够准确归集研发费用的居民企业。按核定征收方式缴纳企业所得税的企业不能享受此项优惠政策。

　　研发费用的核算需要做大量的准备工作，如研发费用加计扣除政策要求的留存备查资料，涉及公司决议、研发合同、会计账簿、相关科技成果资料等等，因此需要企业研发、财务等各职能部门密切配合。如果各部门不能有效配合，导致相关资料、会计凭证不全，记账不完整，会影响到研发费用的核算以及优惠政策的享受。

　　财税〔2015〕119号文件规定，企业共同合作开发的项目，由合作各方就自身实际承担的研发费用分别计算加计扣除。企业共同合作研发的项目，由合作各方按照《企业（合作）研究开发项目计划书》和经登记的《技术开发（合作）合同》分项目设置《合作研发“研发支出”辅助账》，就自身实际承担的研发费用按照会计核算要求分项目核算，并按照研发费用归集范围分别计算加计扣除。